主系列正统作品全部含神兽，共计30+版本，从初代到最新世代，每个版本都有专属神兽，且数量、定位、捕捉方式差异明显。
初代至最新世代，神兽体系逐步完善。初代含三圣鸟与超梦，三圣鸟分驻无人发电厂、双子岛、灯火山，超梦在华蓝洞窟，是战力天花板。第二世代加入凤王、洛奇亚与三圣兽，凤王在铃铛塔、洛奇亚在漩涡岛，三圣兽野外随机游走，遇敌概率低，需用喷雾锁定遇敌范围。第三世代丰缘地区有固拉多、盖欧卡、烈空坐，三神柱与拉帝欧斯兄妹，固拉多、盖欧卡分属不同版本，烈空坐两版通用，位于天空之柱。第四世代神奥地区有帝牙卢卡、帕路奇亚、骑拉帝纳及三湖神，神兽多分布于剧情关键地点，部分需解锁特殊剧情。后续世代延续“封面神+传说组合”模式，神兽数量递增，玩法更丰富。
神兽捕捉需掌握核心技巧，提升成功率。捕捉前先将其血量压至1HP，用“点到为止”技能避免击杀，再施加睡眠、冰冻或麻痹状态，睡眠与冰冻可翻倍捕捉率。球种选择优先级：大师球必留，计时球适合持久战，30回合后效果超高级球，快速球用于首回合，高级球为通用选择。游走型神兽如三圣兽，需用“黑色目光”锁定，防止逃跑，配合追踪道具定位，多次遭遇后逐步消耗。
神兽战力与阵容搭配决定对战上限。一级神兽如超梦、帝牙卢卡，种族值680+，属性组合强势，可作为核心输出，超梦特攻极高，搭配精神强念、暗影球；烈空坐龙+飞行属性，物攻突出，配龙舞、画龙点睛。二级神兽如三圣兽、三湖神，种族值580-600，功能多样，适合联防与辅助，雷公高速控速、炎帝物攻强化、水君特耐续航。对战中需注意属性克制，如冰系克制龙系、岩石系克制飞行系，搭配联防宝可梦，规避弱点，发挥神兽优势。
隐藏神兽与彩蛋玩法拓展收集乐趣。多数版本存在隐藏神兽，需满足特定条件解锁，如三神柱需携带古空棘鱼与吼吼鲸触发剧情，在特定地点激活遗迹机关。幻之宝可梦如雪拉比、玛机雅娜，多为活动限定，需参与官方活动获取，部分版本可通过特殊道具解锁。完成图鉴后，可解锁神兽专属剧情与奖励，提升游戏完成度。
