清籁丸船上的机关解密主要分为船头与船尾两大部分，核心机制围绕罗盘旋转、雷种子获取、继电石摆放以及仙灵引导展开。船头甲板的初始机关需将四个罗盘指针调整为两两相对，形成长方形结构即可解锁。这一步骤的关键在于观察罗盘稍长的边，通过顺时针或逆时针旋转使其对齐。成功后木板会破碎，需优先获取右侧的雷种子，为后续穿越雷结界做准备。船头解密还包含翻牌连连看机制，需点亮相同图案的地砖两组以上才能开启下一层通道。
进入船舱后，需跟随仙灵完成多层解谜，途中需注意收集锈蚀的钥匙和完整的钥匙。第二层的解密同样采用图案匹配机制，但数量增至四组八个地砖，需按特定顺序点亮。沉船内部隐藏着多个雷神瞳，其中一颗位于船舱左手侧，另一颗需通过雷种子引导至桅杆获取。仙灵会引导玩家找到关键宝箱，包括用于开启仓门的钥匙。船尾部分的解密需要收集三块继电石，第一块位于雷属性碎石堆内，需用元素反应击碎岩石获取，同时此处也是唯一雷种子刷新点。
船尾大型解谜需利用相位之门传送系统高效搬运雷种子。拿到第一块继电石后，需立即通过雷传送门返回起始点，携带雷种子攀爬至上方结界获取第二块。第三块继电石则需精确操控传送门方向，快速进入对应结界。三块继电石集齐后，按特定图示摆放可激活船尾机关，开启下方闸门。最终阶段需击败遗迹机兵并跟随雷灵激活雷印枝条，借此飞至高空获取最后一颗雷神瞳。整个过程需注意雷种子持续时间，操作延迟会导致结界无法进入。
清籁丸解密包含两个隐藏成就：戴维·琼斯的箱子和无可置疑的宝藏，前者需完成全部船尾机关，后者与清籁旧宝任务关联。任务清籁旧宝的启动机关需按1231231顺序踩踏地面花纹，该解密独立于沉船主体但共享地图区域。所有解密环节均存在逻辑关联，建议优先清理周边愚人众和海乱鬼避免干扰。角色选择方面，推荐使用身高较高的角色便于获取高空雷神瞳，同时雷元素角色能更高效处理雷属性障碍物。
该区域解密设计体现了多层嵌套的关卡逻辑，从基础机关操作到复合型谜题层层递进。玩家需综合运用环境观察、元素反应、道具交互等机制，其中雷种子与相位之门的组合运用尤为关键。解密过程中所有宝箱位置均有仙灵或任务文本提示，无需盲目探索。若遇到卡关情况，可重新审视船舱内的符文提示或检查继电石连接状态。整个清籁丸解密流程约需40-60分钟，属于稻妻地区中等难度的探索内容。
