部分副本存在需要封印的机制，通常涉及1-3层封印。这些封印机制是通关的核心挑战，玩家需优先破解封印才能削弱BOSS或解除环境debuff。不同秘境的封印层数及破解方式各异，例如毒风秘境需击败特定分身解除结界，而阴阳秘境则需对应属性攻击破除封印。
毒风秘境的封印机制较为典型，玩家进入后需先击败场边的施术忍偶以解除毒雾结界，通常需要破解1-2层封印。若未能及时完成，BOSS会持续回血并释放全屏毒爆，大幅增加通关难度。类似地，落岩秘境中玩家需击破BOSS藏身的石像以阻止陨石坠落，此类机制虽未明确标注封印但实际效果等同于阶段性封印解除。
阴阳秘境的封印设计更具策略性，玩家需根据BOSS颜色切换攻击属性，错误攻击会导致无效输出。该副本通常包含2层封印：第一阶段需击杀医疗忍偶，第二阶段需匹配属性击破BOSS护盾。罡体秘境则通过风遁·风杀阵压制霸体状态，属于动态封印机制，需在限时内完成否则BOSS会重新进入无敌状态。
高层秘境如修罗难度会强化封印机制，例如毒风秘境在15层后追加旋风陷阱，玩家需同步处理封印与走位。系统会根据队伍抗魔值动态调整封印强度，建议优先提升战力至推荐标准的120%以上再挑战多封印层副本。组队模式下，队员需分配好封印破解职责以避免技能冲突或资源浪费。
秘境封印层数并非固定数值，而是根据副本机制动态呈现。玩家需结合忍者技能特性、秘卷搭配和团队协作灵活应对，系统化的战力养成与机制理解是高效通关的关键。
