在少年三国志后期阶段，阵容搭配的核心在于平衡防御、输出和辅助能力。游戏中的战斗机制分为五个阵位，前排需要高生命值和防御力的武将，如关羽、张飞；后排则需要高攻击力的输出武将，如郭嘉、曹操；中排则侧重于恢复和增益型辅助，如诸葛亮、小乔。后期阵容的构建需根据武将特性、羁绊效果以及战斗需求灵活调整，避免单一方向的极端配置。
防御回血阵是后期较为稳健的搭配方案，由两名防御型武将、两名治疗型武将和一名输出型武将组成。防御武将推荐关羽或张飞，治疗型武将可选择诸葛亮或小乔，输出核心则优先考虑郭嘉或曹操。这种阵容的优势在于续航能力强，适合应对高爆发的敌方阵容。另一种方案是群攻控制阵，以群攻武将（如孙策、黄月英）为核心，搭配控制型武将（如司马懿、张角）和输出型武将，通过范围伤害和控制效果压制对手。
对于追求速攻的玩家，一波流阵容更为合适。该阵容以高爆发武将为主，如张辽、貂蝉，配合控制技能快速击杀敌方关键目标。需这种阵容对武将练度和先手能力要求较高，若未能迅速解决战斗，可能会陷入被动。游戏中的五行克制机制也需纳入考量，合理利用金、木、水、火、土的相生相克关系，可进一步提升阵容的实战表现。
后期阵容的强化不仅依赖于武将选择，还需注重装备、神兵和技能的搭配。防御型武将应优先提升生命值和抗性装备，输出型武将则需强化暴击和攻击属性。辅助型武将的技能等级和效果范围也需重点培养，以确保团队增益的最大化。参与竞技场和团队副本等活动，能够获取强化材料，逐步优化阵容的整体强度。
根据敌方阵容的特点，及时调整站位和武将组合，例如在面对高控制阵容时，可增加解控型武将；若敌方以群攻为主，则需强化前排防御或增加范围治疗。通过不断实战测试和调整，逐步形成适合自身风格的终极阵容。
